团藻基因组测序完成

单细胞生物怎么能演变为多细胞生物乃至人类这样高度复杂的生物,一直是生物研究的重要课题。一个由德国、美国、加拿大和日本科研人员组成的研究小组选择从团藻入手,因为团藻的细胞种类十分简单。     

真空包装莲藕中微生物初步分析

采用假单胞分离琼脂、VRBA、MRS和MSA等选择性培养基,从真空包装莲藕中分离出7株菌,并对该7株菌进行DNA提取、扩增和产物测序鉴定。试验结果表明:真空包装莲藕中分离出的7株菌株分别为植物乳杆菌2株,肠杆菌科的产酸克雷伯菌和朗奈氏菌,假单胞菌属的黄褐假单胞菌和恶臭假单胞菌,金黄色葡萄球菌1株。     

黄河三角洲盐碱地土壤真菌多样性

以黄河三角洲盐碱地(光板地、獐茅地、翅碱蓬地、柽柳地)土壤为研究对象,采用454高通量测序技术,对土壤中真菌群落和多样性进行了研究。结果表明:检测出的土壤真菌类群达5门22纲59目87科157属,其中,子囊菌门在所有样地中相对丰度最高,担子菌门次之。不同采样环境土壤中真菌多样性存在一定差异,光板地中多样性指数最高(2 070),獐茅地中最低(1 490)。子囊菌门和球囊菌门与土壤碱解氮相关性最大,担子菌门和壶菌门与土壤碱解氮和电导率相关性较大,毛霉亚门受速效磷影响最大。土壤速效磷对真菌属的作用最大。     

我国首次披露海带等全基因组测序成果

2013年11月，我国科学家在青岛首次披露了海带、栉孔扇贝和南美白对虾全基因组测序的部分成果。在此间举行的国际基因组学大会上，中国海洋大学博士池姗介绍了海带全基因组测序的部分成果：经过对海带基因组研究，预测海带基因组包含3．5725万个基因，海带的基因比其他真核藻类基因大很多。     

蚕豆萎蔫病毒 2 号（BBWV2）基因组 RNA2的序列测定

以表现顶枯症状的11个辣椒病株的dsRNA为模板，用蚕豆病毒属（Fabavirus）的兼并引物Fab5_R1F和Fab5～R1R进行PCR扩增，其中10个病株扩增到长约400bp的预期大小的片段．选取其中代表病株XJP1—1的PCR产物进行克隆、测序，得到389nts的序列片段。基因库检索表明，该片段为蚕豆萎蔫病毒2号（BBWV2）基因组RNA的片段。说明经PCR检测，具有400bp片段的10个田间病株均有BBWV2侵染．将基因库中已登陆的BBWV2的RNA，核苷酸序列进行序列比对，然后根据RNA，的序列保守区设计引物R2F-1F和R2F-1R，以病株的总RNA为模板．对分离物XJP1—1进行RNA，组分的克隆、测序，获得1302nts的RNA，序列，序列比较显示．该序列与新疆侵染加工番茄的分离物XJ14—1具有最高的序列同源性，为88．9％。     

基于数字基因表达谱(DGE)分析异烟肼诱导家蚕脂肪体损伤的差异表达基因

以无脊椎动物家蚕为实验动物,采用高通量测序技术分析人结核病治疗药物异烟肼(INH)诱导蚕体脂肪体损伤状态下的相关基因信息。供试5龄第3天家蚕幼虫分别按照1、2 mg/头的剂量经口给予INH后8 h,解剖获取家蚕脂肪体组织并提取总RNA,利用RNA-Seq测序技术分别构建INH诱导组和CK对照组家蚕脂肪体的数字基因表达谱(digital gene expression,DGE)文库。比对2个DGE文库的差异表达基因,并进行GO功能分析和KEGG通路分析,结果显示:INH影响了家蚕脂肪体中功能基因的表达,其中下调表达的基因数目明显较多,这些差异表达基因的GO分类和所在的KEGG通路,均集中在核酸损伤、细胞外信号转导、细胞凋亡与氧化应激过程、蛋白质代谢、药物代谢过程和免疫毒性等几大通路中。选择4个分别与肝损伤、药物代谢、线粒体能量代谢有关的差异表达基因进行qRT-PCR检测,结果与DGE文库的表达一致。另外,家蚕脂肪体经HE和DAPI染色后亦可观察到INH对细胞的损伤;测定不同浓度INH及作用时间下家蚕脂肪体中与肝损伤有关的谷丙转氨酶(ALT)和谷草转氨酶(AST)的活性显著提高,但2种酶的变化趋势不一样。推测INH造成机体组织损伤可能与其和机体内的大分子物质结合,从而影响到这些大分子发挥参与多种代谢通路调节机体正常生理活动的作用有关。     

鸡Lpin1基因3′-UTR遗传变异及其对miRNA结合位点的潜在效应

【目的】研究鸡Lpin1基因3′-UTR遗传变异/单倍型及其在品种间的分布，并预测这些变异对miRNA结合位点的潜在效应。【方法】根据鸡Lpin1基因组序列（GenBank登录号：NC_006090）设计一对特异性引物，采用PCR直接测序结合克隆测序的方法，进行鸡Lpin1基因3′-UTR及其邻近外显子在品种间的遗传变异/单倍型分析。【结果】①从6个品种中发现了8个变异位点，包含两个插入/缺失变异。这些变异均位于鸡Lpin1基因的3′-UTR，3′-UTR的变异频率为17SNPs/kb；②在鸡Lpin1基因3′-UTR区域，从固始鸡、卢氏绿壳蛋鸡中分别检测到7个变异位点，未检测到河南斗鸡品种内的变异；③用次要等位基因频率≥5%的6个变异位点（g.11A＞T，g.77C＞G，g.108_109delinsG，g.110_111delinsG，g.270A＞G和g.348G＞T）进行单倍型的构建和分析，从6个品种鸡中共检测到6种单倍型，其中P1和P4单倍型是群体的优势单倍型，频率均大于30%，河南斗鸡仅包含一种单倍型；④g.77C＞G变异可引起多个miRNA结合位点的增加/丢失。【结论】鸡Lpin1基因3′-UTR具有丰富的变异，3′-UTR变异位点/单倍型在品种间的分布存在明显的差异。     

新一代测序技术的发展与挑战

基因组测序技术是分子生物学及其相关学科研究中最常用的技术之一。从20世纪70年代中期第一代测序技术出现以来,基因组测序技术取得重大进展,改变了生命科学诸多领域的研究面貌。测序成本的急剧下降,测序通量呈指数提高,使得测序速度的改变远远超过了半导体工业的摩尔定律的描述。本文根据测序原理的不同,介绍几种代表性测序技术的原理和特点,对新一代测序技术作了重点阐述,分析新一代测序技术产生的海量数据对科学研究带来的挑战,并对测序技术未来的发展方向进行了展望。     

蛋白质三级结构预测方法简述

随着各种生物全基因组测序工作的不断深入，越来越多的核酸序列清晰的呈现在世人面前。与此同时，我们明确知道空间结构的蛋白质数目却增长缓慢，而且两者之间增长速度的差异正在进一步扩大。因为蛋白质的生物学功能在很大程度上取决于其空间结构，所以弄清楚蛋白质的结构进而理解其结构与功能的关系具有重要意义。但通过实验方法获得蛋白质结构不仅成本高而且速度慢，     

实验室人工感染诱发猪瘟野毒垂直传播

利用2头人工感染中等毒力猪瘟野毒耐过猪进行配种,诱发了猪瘟野毒垂直传播.带毒母猪于带毒后171 d产下9头仔猪,其中3头为死胎,6头为木乃伊.直接免疫荧光抗体试验和RT-PCR检测,9头均为阳性.测序结果表明,3头测序仔猪中,2头仔猪所分离病毒E2基因主要抗原编码区序列与公猪所接种病毒的一致;另1头仔猪所分离病毒E2基因主要抗原编码区序列与公猪所接种病毒的同源性高于与母猪所接种病毒的同源性.母猪在与公猪配种前后,其所分离病毒E2基因主要抗原编码区序列发生了变化,配种后与公猪所分离病毒的一致,说明猪瘟病毒在猪体内的繁殖存在一定的优势选择现象.